A wszystko zaczęło się po tym, jak w lutym 1990 roku dwóch zabójców zastrzeliło niedaleko Campo de’Fiori Enrica de Pedisa – znanego rzymskiego gangstera i szefa bandy o nazwie Magliana. Został pochowany na cmentarzu del Verano, ale kilkanaście dni później jego zwłoki zostały w tajemniczy sposób przeniesione do krypty kościoła Sant’Apollinare i złożone w monumentalnym, godnym głowy państwa, sarkofagu obok spoczywających tam kardynała Domenica Iorio i muzyka doby baroku Giacoma Carissimiego. Fakt ten – odkryty przez media przez przypadek w 1997 roku – wzbudził w Italii dyskusje i żywą dezaprobatę. Zaszczytne miejsce pochówku mafiosa ówczesne władze Watykanu, w których pieczy znajduje się bazylika, tłumaczyły szczodrością i filantropią zamordowanego, jak też przyjaźnią, jaka zawiązała się między przestępcą (gdy jeszcze żył) a ówczesnym rektorem bazyliki, Pietro Vergarim. W odróżnieniu od tego, co głosiły źródła watykańskie, media spekulowały, że była to forma zadośćuczynienia za wkład przestępcy w rozmowy między mafią a Watykanem, mające na celu udobruchanie sycylijskiej Cosa Nostry i przekonanie jej do zaniechania szantażu, który stosowała z powodu strat finansowych poniesionych w mediolańskim Banku Ambrosiano, związanym z Watykanem. Sprawa jednak ucichła aż do 2012 roku, gdy gangstera zaczęto wiązać z tajemniczym zaginięciem (w 1983 roku) Emanueli Orlandi – piętnastoletniej córki urzędnika watykańskiego i mieszkanki Watykanu, po której wszelki ślad zaginął. Po anonimowym telefonie do programu telewizyjnego poświęconego osobom zaginionym policja postanowiła wejść do niedostępnej krypty kościoła i otworzyć grobowiec mafiosa, spodziewając się znaleźć w nim szczątki nastolatki. Nie odnaleziono ich co prawda, ale władze watykańskie zdecydowały się wówczas na wyniesienie z krypty prochów de Pedisa.

I tak świat dowiedział się o małym kościele w centrum miasta, który dziś znajduje się pod kuratelą Opus Dei. Bogata i długa historia tego przybytku sięga VIII wieku. Wtedy to (ok. 780 roku) na resztkach istniejących w tym miejscu term Nerona powstała niewielka świątynia, której fundatorem był – wedle Liber Pontificalis – papież Hadrian I. On też ufundować miał należący do kościoła klasztor, który przeznaczono dla uciekających z Konstantynopola mnichów bazylianów. Niewielka, trójnawowa świątynia, poprzedzona niewielkim portykiem i zakończona dużą absydą, dedykowana została św. Apolinaremu, który według tradycji przybył do Wiecznego Miasta z Antiochii razem ze św. Piotrem. Wyświęcony (według legendy) na biskupa, został posłany do Rawenny, gdzie zmarł jako męczennik w nieznanych okolicznościach. W Rawennie znajdziemy dwa poświęcone mu wczesnochrześcijańskie kościoły (Sant’Apollinare in Classe i Sant’Apollinare Nuovo), wspaniale dekorowane wielobarwnymi mozaikami.

Przez prawie tysiąc lat rzymski kościół Sant’Apollinare trwał w swej pierwotnej postaci, aż do 1742 roku, gdy w związku z nadchodzącym Rokiem Jubileuszowym (1750) papież Benedykt XIV postanowił gruntownie go zmodernizować w stylu późnobarokowo-klasycystycznym, zadanie to powierzając zaufanemu architektowi Ferdinandowi Fudze. Ten stworzył wnętrze jednonawowe z otwierającymi się do niego kaplicami, zwieńczone kopułą w miejscu styku nawy i prezbiterium.

W połyskującym złotem, bogatym w różnobarwne tafle marmuru wnętrzu nie znajdziemy wielu wybitnych dzieł sztuki, choć kilka może wzbudzić nasze zainteresowanie. Gdy spojrzymy w górę, zobaczymy fresk Gloria świętego Apolinarego autorstwa utalentowanego freskanta tamtych czasów – Stefana Pozziego. W bocznych kaplicach czczeni są następujący święci: Alojzy Gonzaga, Józef i Franciszek Ksawery (po prawej stronie) oraz Jan Nepomucen, Josemaria Escrivá de Balaguer (założyciel Opus Dei) i Ignacy Loyola (po lewej stronie). Ołtarze poświęcone aż trzem świętym jezuickim nie powinny dziwić, gdyż w latach 1574–1773 kościół należał do Towarzystwa Jezusowego, a w sąsiadującym z nim budynku (dawnym klasztorze bazylianów), odnowionym i rozbudowanym, znajdował się ważny dla jezuickich misji ośrodek edukacyjny pod nazwą Collegium Germanicum et Hungaricum.

Pod względem artystycznym niewątpliwie najciekawsza jest kaplica poświęcona Franciszkowi Ksaweremu, w której kryje się piękne dzieło pracującego dla jezuitów rzeźbiarza – Pierre’a Le Grosa. Posąg świętego misjonarza w znakomicie oddanej, układającej się w kaskady komży, trzymającego w rękach krucyfiks, ubogaca znajdujący się u jego stóp metalowy krab. Według legendy skorupiak ten miał wyłowić z morza krucyfiks, po tym jak w czasie sztormu wyślizgnął się on z rąk jezuity. Tym krzyżem Franciszek Ksawery uspokajał fale podczas swej dalekowschodniej podróży. Drugą rzeźbą, która zapewne zwróci naszą uwagę, jest posąg Ignacego Loyoli, dzieło późnobarokowego rzeźbiarza i architekta Carla Marchionniego. Ołtarz główny świątyni dekoruje nastawa z przedstawieniem św. Piotra konsekrującego Apolinarego na biskupa. Jest to kopia obrazu wykonanego przez Ercole Grazianiego dla katedry bolońskiej, ale tym, co przyciągnie nasz wzrok, są wieńczące dzieło, wykonane z marmuru i stiuku anioły i putta – praca Bernardina Ludovisiego, znanego ze wspaniałych kreacji aniołów w kościele Sant’Ignazio.

Wchodząc do kościoła albo zeń wychodząc, zauważymy należącą do niego, ale jakby niezależną, małą kaplicę, usytuowaną równolegle do fasady budowli. To tu w zamierzchłych czasach znajdował się wspomniany portyk wczesnoromańskiej świątyni. Później zamurowany, obecnie stanowi tło dla wyjątkowego dzieła – ujętego w ramy, pochodzącego z XV wieku fresku z wizerunkiem Marii z Dzieciątkiem i świętymi Piotrem i Pawłem.

Dziś obok kościoła znajduje się budynek Papieskiego Uniwersytetu Świętego Krzyża, wzniesiony przez Ferdinanda Fugę w połowie XVIII wieku. Warto udać się na nowo odrestaurowany dziedziniec tego przybytku, którego ozdobę stanowi piękna fontanna.